Die Genomsequenzierung (Whole Genome Sequencing, WGS) ist ein molekulargenetisches Untersuchungsverfahren zur Sequenzierung des gesamten Erbguts. Diese beinhaltet auch solche Bereiche, die außerhalb der Proteinkodierenden Abschnitte liegen, welche nur rund 1–2 % des Erbguts umfassen. Dies Methode wird häufig bei einem Verdacht auf das Vorliegen einer seltenen genetischen Erkrankung durchgeführt, insbesondere dann, wenn die Symptome komplex oder unspezifisch sind oder vorausgegangene molekulargenetische Untersuchungen keine Aufklärung erbracht haben. In Abhängigkeit von der klinischen Fragestellung werden Genlisten für die Auswertung definiert, unter Verwendung der Human Phenotype Ontology (HPO; hpo.jax.org/), der Genomics England PanelApp (https://panelapp.genomicsengland.co.uk/) und der aktuellen Literatur.
Methode
Mit Hilfe einer definierten Genliste können zahlreiche Phänotyp assoziierte Gene untersucht werden. Diese werden parallel mittels Next Generation Sequencing (wenn möglich: Trio-Genom-Sequenzierung unter Einbeziehung der Eltern) untersucht. Die Interpretation umfasst einzelne Nukleotidvarianten, kleine Insertionen und Deletionen und Kopienzahlvarianten (≥5kb) von einzelnen und / oder mehreren Exons. Für jedes in der Genliste dargestellten Genen untersuchen wir alle kodierenden Regionen sowie die angrenzenden intronischen Varianten (± 12bp). Im Rahmen des Modellvorhabens Genomsequenzierung werden zusätzlich nach intronischen Varianten, die in ClinVar als pathogenic/likely pathogenic annotiert sind, gefiltert.
Material
2,5 – 5 ml EDTA-Blut bevorzugt (bei Kleinkindern ist 1 ml EDTA-Blut ausreichend)
Genomische DNA (1-2µg)
Die Untersuchung ist nach telefonischer Rücksprache (09131-85 32318/32319) auch an anderem Gewebe möglich
Benötigte Unterlagen
Einwilligung des Patienten nach GenDG
Anforderungsbogen für die molekulargenetische Diagnostik
Überweisungsschein Muster 10
Bei stationären/Privat-Patienten: Erklärung zur Kostenübernahme
Dauer der Untersuchung
8 bis 36 Wochen
